Tagann Mei no Naisho timpeall ar shaol an charachtair teidil Mei Haruna, buachaill óg effeminate a d’ardaigh a mháthair cailleach mar chailín, agus a cheap i gcónaí gur bean é. Ba í a mháthair an t-aon teaghlach a bhí aige, mar sin tar éis di bás a fháil, aistríonn sé chuig ardscoil do chailíní go léir agus tagann sé chun cónaithe i suanlios na scoile lena chat eolach Abel, agus a chomrádaí seomra Fuuka Honjou, atá ina bhall de freisin an coiste moráltachta poiblí. Go gairid tar éis dó an scoil a bhaint amach, faigheann a chairde nua amach tar éis taispeántas draíochta i ndabhach an phobail suanlios go bhfuil sé fireann i ndáiríre, cé gur ábhar mór iontais dó seo ainneoin go bhfuil sé ar an eolas faoi na difríochtaí fisiciúla idir é agus gnáth chailíní. In ainneoin go bhfuarthas amach é, agus tar éis idirghabháil chabhrach éigin a dhéanamh d’uachtarán na comhairle mac léinn sáraithe, socraíonn príomhoide na scoile gur féidir leis fanacht ar an scoil. An lá dar gcionn, tagann Mei ar scoil le Fuuka agus gabh sí a leithscéal as a chur i bhfolach gur cailleach í, agus cuireann sí in iúl do na daoine eile conas is cosúil gur fear é. Glacann na mic léinn eile leis go tapa mar dhuine dá gcuid féin, agus tá siad an-tógtha leis an gcaoi ar féidir leis draíocht a úsáid.
